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Congés de maladie

Le congé de maladie dans la fonction publique territoriale permet à un fonctionnaire de se reposer et de se soigner en cas de maladie, tout en préservant ses droits statutaires. Ce congé est régi par les articles L.822-1 et suivants du Code général de la fonction publique et par le decret n°86-442 du 14 mars 1986 relatif aux congés de maladie des fonctionnaires territoriaux.

Situation de l'agent en congé de maladie ordinaire

L’agent placé en congé de maladie, qu’il soit fonctionnaire ou contractuel, bénéficie, en principe, d’un maintien de rémunération pendant une période déterminée.

Conditions d’octroi :

Pour bénéficier du congé de maladie, l’agent doit produire un certificat médical justifiant de son incapacité à exercer ses fonctions. L’autorité territoriale est compétente pour accorder ce congé en fonction des pièces justificatives fournies.

Pour les agents fonctionnaires de la FPT :

  • Les agents en activité (ou en détachement) peuvent être placés en congé de maladie ordinaire (CMO) en cas de maladie ou d'accident survenu en dehors du temps de travail, les rendant dans l'incapacité d'exercer leurs fonctions,
  • Le maintien de la rémunération pendant le congé de maladie ordinaire peut varier.

Pour les agents contractuels :

Les agents contractuels de droit public peuvent bénéficier d'un congé de maladie ordinaire rémunéré en fonction de leur ancienneté

Rémunération pendant le congé de maladie

Depuis le 1er mars 2025, le fonctionnaire perçoit 90% (contre 100%) de son traitement indiciaire pendant les 3 premiers mois du congé de maladie ordinaire.
Cette mesure impacte le versement de certains éléments de rémunération dont le montant est réduit dans les mêmes proportions que le traitement, à savoir :

  • La nouvelle bonification indiciaire – NBI (article 2 du décret n° 93-863 du 18 juin 1993),
  • Le complément de traitement indiciaire (article 15 du décret n° 2020-1152 du 19 septembre 2020),
  • Le dispositif « transfert primes/points » : réduction de l’abattement sur les primes dans les mêmes proportions que le traitement (article 148 de la loi n° 2015-1785 du 29 décembre 2015),
  • L'indemnité compensatrice de la hausse de la CSG.

En cas de requalification ultérieure d’un CMO au cours des trois premiers mois (en congés de longue maladie CLM, longue durée CLD ou pour invalidité temporaire CITIS) pour la même affection, cela entraînera le versement d’un rappel de traitement à hauteur de 10 % du traitement initialement retenu en CMO.

Considérant que la rémunération est réduite pendant les 3 mois à plein traitement, il est conseillé d’établir les arrêtés plaçant les agents en CMO durant les 3 premiers mois.

En cas de prolongation du congé de maladie au-delà de six mois, un contrôle médical doit avoir lieu auprès d'un médecin agréé.

Référence fiche BIP

Fiche BIP - Congé de maladie dans la FPT : généralités (CONMAL) Fiche BIP - Contractuels : les congés de maladie (NTICO3)

Foire aux questions

"La loi n°2025-127 du 14 février 2025 et le décret n°2025-197 du 27 février 2025 prévoient pour les agents fonctionnaires et contractuels une réduction de 100% à 90% du versement de la rémunération en cas de congés de maladie ordinaire (CMO).
Ce passage à 90% de la rémunération concerne les trois premiers mois de CMO pour les fonctionnaires, et pour les agents contractuels selon leur durée de services comme suit (art. L.822-3 CGFP et art. 7 décret n°88-145 du 15 février 1988) :

  1. Après quatre mois de services, un mois à 90% de son traitement,
  2. Après deux ans de services, deux mois à 90% de son traitement,
  3. Après trois ans de services, trois mois à 90% de son traitement.

La réduction s’applique à compter du 1er mars 2025.
La DGCL et la DGAFP ont précisé que le passage à 90% du traitement s'applique à tout nouvel arrêt de travail à compter du 1er mars 2025, et pour les CMO ayant débuté avant cette date pour tout renouvellement accordé à compter du 1er mars 2025.
En revanche, pour un CMO octroyé avant le 1er mars 2025 et dont l’échéance initiale de l’arrêt était fixée au-delà du 1er mars 2025 les dispositions antérieures demeurent applicables et l’agent continue de percevoir 100% de son traitement sur l’ensemble du congé s’il remplit les conditions nécessaires.

Exemple : Une première période de CMO octroyée du 20 février 2025 au 14 mars 2025 pourra être rémunérée à 100%. Mais en cas de renouvellement du CMO à compter du 15 mars 2025, l’agent serait rémunéré à 90%.
Pour plus d’informations vous pouvez consulter notre fiche statut sur la rémunération des agents en CMO."

OUI : "Un fonctionnaire en congé de longue maladie ou longue durée doit reverser les sommes indûment perçues lors du cumul non autorisé et voit son traitement suspendu jusqu’à la cessation de l’activité rémunérée non autorisée.

Un arrêt de la CAA de Douai du 9 mars 2023 (n°22DA00487) a rappelé cette réglementation.
Le cas examiné en appel est celui d’une fonctionnaire ayant fondé, alors qu’elle était placée en congé de longue maladie, une entreprise individuelle de gestion d’un gîte de deux chambres.
La cour rappelle à cette occasion les dispositions alors en vigueur de l’article 28 du décret n° 87-602 du 30.07.1987 modifié relatif à l’interdiction d’exercice d’une activité rémunérée non autorisée médicalement pendant un congé de longue maladie et les incidences financières résultant du non-respect de cette obligation.

Selon les dispositions de l’article précité, un fonctionnaire placé en congé de longue maladie ou de longue durée doit cesser toute activité rémunérée si celle-ci n’a pas été ordonnée et contrôlée médicalement au titre de la réadaptation.
Il prévoit, d’autre part, en cas de non-respect de cette obligation, que l’autorité, après la réalisation d’une enquête prouvant l’exercice de cette activité rémunérée non autorisée, procède immédiatement à l’interruption du versement de la rémunération et prend les mesures nécessaires pour faire reverser les sommes perçues depuis cette date.

La CAA a ainsi estimé que l’activité exerçait par l’agent pendant son congé de longue maladie était lucrative, que la participation de l’intéressée était très active et dépassait la simple gestion du patrimoine personnel. L’interruption de la rémunération était donc justifiée.
A noter que la rédaction de l’article 28 du décret n°87-602 a été modifiée depuis le 14 mars 2022.

Il en résulte que pendant un congé de longue maladie ou de longue durée un fonctionnaire peut :

  • Exercer des activités ordonnées et contrôlées médicalement au titre de la réadaptation après avis du médecin du travail,
  • Exercer librement des activités de production des œuvres de l’esprit.

Il ne prévoit plus la réalisation préalable d’une enquête pour mettre en œuvre l’interruption du traitement du fonctionnaire."

OUI : si la délibération le prévoit.
Le décret n°2010-997 du 26 août 2010 prévoit désormais expressément le maintien du régime indemnitaire dans les mêmes proportions que le traitement pour les fonctionnaires de l’État. Dès lors, en application du principe de parité avec la fonction publique de l’État, les collectivités peuvent prévoir par délibération le maintien du régime indemnitaire dans les mêmes proportions que le traitement en cas de service à temps partiel thérapeutique.

Pour rappel, jusqu'alors, la circulaire ministérielle du 15 mai 2018 prévoyait un maintien du régime indemnitaire au prorata de la quotité du temps partiel (le régime indemnitaire ne suivait pas le traitement).
En résumé, une collectivité peut prévoir par délibération :

  • Le maintien du régime indemnitaire dans les mêmes proportions que le traitement,
  • OU le versement du régime indemnitaire au prorata de la quotité du temps partiel pour raison thérapeutique.

Pour plus d'informations sur le sort de la part IFSE du RIFSEEP en cas d'absences, consulter notre fiche statut."

"Le fonctionnaire qui fait l'objet d'une mesure de suspension est maintenu en position d'activité et a droit, en cette qualité, à des congés de maladie ou de longue maladie en cas de maladie dûment constatée le mettant dans l'impossibilité d'exercer les fonctions qu'il exercerait s'il n'était pas suspendu et bénéficie du régime de rémunération afférent à ces congés.
Ainsi, l'autorité territoriale doit mettre nécessairement fin à la mesure de suspension lorsque l’agent fournit un arrêt de travail."

Référence : CAA Nantes du 12 janvier 2016 - N° 14NT00126.

"La mesure de suspension est alors interrompue et l’agent est placé en congé de maladie.
L'administration peut valablement décider que l’agent sera suspendu à compter de la date à laquelle ce congé de maladie expire si les conditions de la suspension sont toujours réunies."

Référence : CAA Nancy n°14NC00166 du 19 mars 2015.

OUI : "Dans certains cas : Dès l'entrée en vigueur de la décision de révocation, le fonctionnaire territorial révoqué ne peut plus se prévaloir de ses droits statutaires à maintien de traitement.

Néanmoins, ce dernier peut continuer à bénéficier du versement d'indemnités journalières de maladie sur le fondement des articles L. 161-8 et R. 161-3 du code de la sécurité sociale qui prévoit un dispositif de maintien des droits aux prestations en espèce du régime auquel ils étaient rattachés antérieurement en faveur des assurés qui cessent de relever du régime qui leur était applicable pendant une durée de douze mois décomptée à partir de la date à laquelle ils ne remplissent plus les conditions pour relever de leur régime de sécurité sociale.

Toutefois, en application de l'article L. 161-8 du même code, le maintien des droits est supprimé avant l'expiration des douze mois si l'intéressé remplit à nouveau au cours de cette période les conditions pour relever d'un régime obligatoire d'assurance maladie.
Le contrôle médical est exercé par la caisse primaire de sécurité sociale, en ce qui concerne le service des prestations en espèces  ainsi que des prestations en nature . La décision de la caisse primaire accordant ou maintenant le bénéfice des prestations en espèces de l'assurance maladie est immédiatement notifiée à la collectivité ou à l'établissement intéressé auxquels elle s'impose.

Ainsi, il incombe à la caisse primaire d'assurance maladie de vérifier si l'agent révoqué peut bénéficier du versement d'indemnités journalières et de notifier à la collectivité employeur sa décision afin que cette dernière puisse, le cas échéant, en assurer le paiement."
 

Référence : Réponse du ministère le 10.12.2020 question écrite 13119.

NON : Les congés annuels non pris au cours d’une année civile du fait d’un congé de maladie peuvent être pris au cours d’une période de 15 mois après le terme de cette année. Ce droit au report constitue un droit qui est limité à 4 semaines de congés. Au-delà de la période des 15 mois, les congés non pris sont perdus.

Référence : Directive européenne 2003/88/CE - Conseil d'Etat du 26 avril 2017 n°'406009.

OUI : "Aucune disposition législative ou réglementaire n’empêche un employeur d’accepter la démission d’un agent placé en congé de maladie marquant sa volonté non équivoque de cesser ses fonctions et qui, au jour de sa demande, était dans un état de santé lui permettant d'apprécier la portée de sa décision.

La CAA de Marseille a examiné le 22 février 2022, la demande d'annulation d'une décision d'acceptation de démission d' un agent.
Dans cette affaire, après avoir demandé sa démission le 3 octobre 2018 qui a été acceptée le lendemain suite à un entretien, l'agent s'est rétracté par courrier 3 semaines après cette acceptation ayant agi selon lui ""sous le coup de l'émotion"". A l'appui de sa demande d'annulation, il a produit deux certificats médicaux postérieurs à sa demande de démission qui établissaient qu'à la date de cette demande, son état de santé ne lui permettait pas de juger de la portée de ses actes.
L'autorité territoriale estime que la radiation des cadres de cet agent est légale considérant que :

  • L’état de santé de l’agent lui permettait d’apprécier la portée de sa décision de démissionner au vu de l'avis du médecin du travail rendu début septembre dans le cadre de sa reprise après une disponibilité,
  • Sa démission n’était pas entachée de vice du consentement, Le courrier de l'agent était rédigé en termes clairs et explicites manifestant sa volonté non équivoque de cesser ses fonctions. Par ailleurs, l'agent avait été reçu à un entretien durant lequel il avait confirmé sa volonté de démissionner.

La Cour rappelle ainsi que la démission ne peut résulter que d'une demande écrite de l'intéressé marquant sa volonté non équivoque de cesser ses fonctions. Elle n'a d'effet qu'après acceptation par l'autorité investie du pouvoir de nomination, à la date fixée par cette autorité.  La décision de l'autorité doit intervenir dans un délai d'un mois. La démission du fonctionnaire, une fois acceptée, est irrévocable. 
La Cour a par conséquent rejeté la demande de cet agent estimant que cette démission n'était pas entachée d'un vice de consentement."

Référence : Cour Administrative d'Appel de Marseille du 22 février 2022 req. n°20MA03572.

OUI : "La Cour Administrative d'Appel de Paris, dans un arrêt du 3 février 2023, indique que la fin anticipée d’une mise à disposition d’un fonctionnaire, justifiée par un arrêt de maladie, doit être motivée.
Cet arrêt rappelle ainsi les conditions statutaires de la fin d’une mise à disposition.

La Cour administrative d’appel indique cependant que l'administration d'accueil est toujours en droit de mettre fin à la mise à disposition d'un agent lorsque cette mesure est prise dans l'intérêt du service.
Bien que les arrêts de travail prescrits à l’agent aient eu nécessairement un impact sur l'organisation du service d’affectation, les dysfonctionnements engendrés sur la continuité du service n’ont pas été précisés par la structure d’accueil. L’intérêt du service justifiant la fin anticipée de la mise à disposition n’a donc pas été prouvé dans cette affaire."

Référence : CAA de Paris, 9e chambre, 3 février 2023, n° 21PA03743.

"Art. 14 : Le service de médecine professionnelle et préventive conseille l'autorité territoriale, les agents et leurs représentants en ce qui concerne :

  • L'amélioration des conditions de vie et de travail dans les services,
  • L'hygiène générale des locaux de service,
  • L'adaptation des postes, des techniques et des rythmes de travail à la physiologie humaine,
  • La protection des agents contre l'ensemble des nuisances et les risques d'accidents de service ou de maladie professionnelle ou à caractère professionnel,
  • L'hygiène dans les restaurants administratifs,
  • L'information sanitaire.

Art. 41 : Le comité procède à une enquête à l'occasion de chaque accident de service ou de chaque maladie professionnelle ou à caractère professionnelle au sens des 3ème et 4ème de l'article 6 du présent décret.

Chaque enquête est conduite par deux membres du comité, l'un représentant l'autorité compétente, l'autre représentant le personnel. Ils peuvent être assistés par d'autres membres du comité et par les médecins de médecine professionnelle et préventive.
Le comité est informé des conclusions de chaque enquête et des suites qui leurs sont données.
Pour toutes ces raisons, le médecin de prévention devra être destinataire d'une copie des déclarations d'accidents de travail ou de trajet des agents, que cet accident se soit accompagné ou non d'un arrêt.

De plus, une copie des certificats d'accident du travail ou de maladie professionnelle ainsi que des certificats de prolongation et des certificats finaux devra également lui être transmis, ceci afin de lui donner les informations nécessaires à l'établissement des rapports exigés par les textes. (articles 16 et 23 du décret n° 87-602 du 30 juillet 1987)."

Référence : Décret n° 85-603 du 10 juin 1985 modifié par le décret du 16 juin 2000.

"Trois situations peuvent se présenter.
Lorsque la maladie tombe sur :

  • Une journée normalement travaillée : les heures initialement prévues sont considérées comme effectuées,
  • Une journée non travaillée : aucune incidence,
  • Une journée  de congé annuel posé et validé : l’agent a droit au report de son congé."

Référence : CJUE affaire C-78/11 du 21 juin 2012 et Circulaire COTB1117639C du 08 juillet 2011.

"Un agent ne peut pas suivre une formation lorsqu’il est en congé de maladie (TA Nice 5 février 2010, n°0703312). A l’inverse, un agent en congé de maladie peut participer aux épreuves d’un concours ou d’un examen professionnel. Pour autant, il ne peut pas suivre de préparation à un concours ou à un examen qui est assimilée à une formation.
Par contre, un agent en congé de longue maladie ou de longue durée pourrait suivre une formation en vue d’un reclassement (art. 28 du décret n°87-602 du 30 juillet 1987).
A titre complémentaire, l’ordonnance n°2017-53 du 19 janvier 2017 a prévu que le fonctionnaire reconnu inapte à l’exercice de ses fonctions a droit à une période de période de préparation au reclassement avec maintien du traitement pendant un an maximum. Toutefois, à ce jour, aucun décret n’est paru sur ce point."

"Une réponse du Ministère de l'intérieur publiée dans le JO Sénat du 19/07/2018 vient d'apporter des précisions.
Les textes relatifs aux instances paritaires opèrent une distinction selon la nature du congé de maladie dont bénéficie l'agent.

CONGÉ DE LONGUE MALADIE/LONGUE DURÉE/ GRAVE MALADIE :
Il est obligatoirement mis fin au mandat d'un représentant du personnel placé en congé de longue maladie, de longue durée ou de grave maladie.

CONGÉ DE MALADIE ORDINAIRE :
Le mandat d'un fonctionnaire territorial, représentant du personnel titulaire, placé en congé de maladie ordinaire n'est pas suspendu durant cette période.
Dans la mesure où la maladie à l'origine du congé met le fonctionnaire dans l'impossibilité d'exercer ses fonctions, l'exercice de toute activité durant ce congé est subordonné à une autorisation médicale. Il s'ensuit que le fonctionnaire territorial, représentant du personnel titulaire, placé en congé de maladie ordinaire, ne pourra siéger au sein des instances paritaires que s'il y a été préalablement autorisé par un médecin.
En l'absence d'autorisation, l'intéressé devra se faire remplacer par un suppléant élu ou désigné par l'organisation syndicale au titre de laquelle il aurait dû siéger."

"NON, il n’existe aucune obligation statutaire de reprendre le service une journée avant d’être placé en congés annuels.

En revanche, l’agent doit être de nouveau apte à la reprise puisqu’il ne peut pas être placé à la fois en congé de maladie et en congé annuel.
L’aptitude se manifeste par le non renouvellement de l’arrêt maladie en cas d’absence de faible durée."

"NON : le congé de maladie ne fait obstacle ni à l’engagement d’une procédure disciplinaire ni à l’entrée en vigueur d’une sanction.
La procédure disciplinaire et la procédure de mise en congé de maladie étant des procédures distinctes et indépendantes, l'agent peut faire l'objet de poursuites disciplinaires et voir la sanction appliquée avant la fin du congé de maladie.
L'exclusion temporaire de fonctions emportant privation de traitement prévaut sur la prise en charge financière due au titre du congé de maladie. Le fonctionnaire ne peut donc pas bénéficier du maintien de sa rémunération du fait de son placement en congé de maladie."

Référence : arrêt n° 459472 du Conseil d'Etat du 3 juillet 2023 mentionné au recueil Lebon.

"OUI si cela est précisé sur l'arrêt de travail : Un salarié, par ailleurs élu local, placé en congé de maladie peut régulièrement exercer son mandat électif, à la condition que son médecin l'y autorise expressément sur l'arrêt de travail.
Le législateur a récemment rappelé cette possibilité offerte aux élus, en l'inscrivant à l'article L. 323-6 du code de la sécurité sociale par l'article 103 de la loi n° 2019-1461 du 27 décembre 2019 relative à l'engagement dans la vie locale et à la proximité de l'action publique.
Dans cette situation de congé maladie, l'élu local ayant la qualité de salarié perçoit des indemnités journalières. Le bénéfice de ces indemnités journalières est toutefois subordonné au respect des dispositions de l'article L. 323-6 du code de la sécurité sociale : le salarié placé en congé de maladie doit observer les prescriptions du praticien, se soumettre aux contrôles organisés par le service du contrôle médical, respecter les heures de sorties autorisées par le praticien et s'abstenir de toute activité non autorisée."
 

Référence : "réponse du ministère de la cohésion des territoires et des relations avec les collectivités territoriales J.O Sénat du 01.10.2020 -
Réponse du ministère de la santé et et de la prévention  du 21.12.2023 n° 08188."

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